Теоретически, этот результат можно было бы объяснить тем, что девочка родилась от близкородственного брака. Но тогда в ее геноме присутствовали бы многочисленные длинные участки, полностью лишенные гетерозиготных локусов, чего не наблюдается. Следовательно, дело тут не в близком родстве родителей девочки, а в крайне низком уровне генетического разнообразия популяции денисовцев.
Недавно были разработаны статистические методы, позволяющие на основе анализа одного-единственного генома оценить изменения численности популяции в прошлом (Li, Durbin, 2011. Inference of human population history from individual whole-genome sequences // Nature. V. 475. Pp. 493–496). Применив эти методы к анализируемым геномам, авторы пришли к выводу, что численность предков современных людей и денисовцев в глубокой древности (500 тысяч и более лет назад) менялась синхронно. Очевидно, это была одна и та же, еще не разделившаяся популяция. Позже, примерно 250–125 тысяч лет назад, численность предков современных народов стала быстро расти, а предки денисовцев, напротив, сократились в числе и оставались малочисленными вплоть до эпохи, когда жила денисовская девочка. Примерно 100–50 тысяч лет назад предки нынешних европейцев и азиатов прошли через «бутылочное горлышко», то есть испытали резкое снижение численности, соответствующее выходу из Африки небольшой группы мигрантов – предков современного внеафриканского человечества. Предки современных африканских народов, оставшиеся на родине, в это время испытали менее выраженное снижение численности.
Если денисовцы действительно были малочисленнее древних сапиенсов, это должно было отразиться на эффективности действовавшего на них отбора. Известно, что в маленьких популяциях естественный отбор хуже справляется с отбраковкой слабовредных мутаций. Эффективность этой отбраковки можно оценить по соотношению значимых и незначимых (синонимичных) нуклеотидных замен в белок-кодирующих генах. Слабый очищающий отбор должен приводить к ускоренному накоплению значимых замен (потому что большинство значимых мутаций, как известно, вредны). Следовательно, если денисовцы были малочисленнее сапиенсов, то у первых доля значимых замен должна быть выше, чем у вторых. Так и оказалось: у денисовцев отношение значимых замен к незначимым в белок-кодирующих последовательностях в 1,5–2,5 раза выше, чем у сапиенсов. Этот результат – дополнительное свидетельство в пользу низкой численности популяции денисовцев.
6. Каталог различий
В геноме человека известны полиморфные нуклеотидные позиции (нуклеотиды, которые могут быть разными у разных индивидов), по которым можно судить о таких фенотипических признаках, как цвет кожи, волос и глаз. Если соотношение между этими генетическими вариантами и внешними признаками у денисовцев было таким же, как у сапиенсов (что весьма вероятно, хотя и не известно наверняка), то девочка из Денисовой пещеры была брюнеткой с карими глазами и смуглой кожей без веснушек.
Авторам удалось показать, что у денисовцев, как и у сапиенсов, было 23 пары хромосом, а не 24, как у шимпанзе и других человекообразных обезьян. Известно, что вторая хромосома человека возникла путем слияния двух предковых хромосом. Следы этого события сохранились в структуре второй хромосомы: в ее средней части имеются две сомкнутые повторяющиеся последовательности, характерные для теломер – концевых участков хромосом. Этот уникальный стык двух теломерных последовательностей обнаружен и в денисовском геноме. Следовательно, две предковые хромосомы слились еще до разделения линий сапиенсов и денисовцев.
Пожалуй, самым важным результатом исследования является составление полного каталога генетических изменений, которые произошли у наших предков-сапиенсов после их отделения от предков денисовцев. В каталог попали те нуклеотидные позиции, которые у денисовцев остались в «предковом» состоянии (как у шимпанзе), а у современных сапиенсов изменились, причем эти изменения либо зафиксировались в человеческой популяции, либо почти зафиксировались, то есть достигли высокой частоты (имеются у большинства современных людей). Аналогичный список уникальных «продвинутых» аллелей был составлен и для денисовского генома, но он не так ценен, потому что нам пока известен геном только одного денисовца и мы не можем отличить аллели, характерные для всех денисовцев, от индивидуальных генетических особенностей одной конкретной девочки.
Каталог наших недавних генетических «приобретений», составленный авторами, включает 111 812 однонуклеотидных замен и 9499 вставок (инсерций) или выпадений (делеций). Это то, что отличает современных людей от общих с денисовцами предков, живших несколько сотен тысячелетий назад. Подавляющее большинство этих мутаций затронули участки генома, не имеющие существенного функционального значения. Лишь 260 из них привели к замене аминокислоты в белке, еще 72 могли повлиять на сплайсинг; наконец, 35 мутаций находятся в известных регуляторных участках и могли повлиять на регуляцию работы генов.
Но даже и из этого весьма небольшого числа потенциально важных мутаций большая часть, скорее всего, не оказала заметного влияния на фенотип. По-настоящему важными могут оказаться 23 мутации, затронувшие наиболее консервативные участки белок-кодирующих последовательностей (то есть такие участки, которые в ходе эволюции приматов менялись очень редко или не менялись вовсе). Интересно, что 8 из этих 23 специфичных для нашего вида мутаций закрепились в генах, связанных с развитием нервной системы, передачей нервных импульсов и работой мозга. В частности, у наших предков после их отделения от предков денисовцев изменились гены ADSL и CNTNAP2, для которых показана связь с аутизмом. Ген CNTNAP2 также связан с нарушениями речи и находится под контролем знаменитого гена-регулятора FOXP2 (см. «Ген речи» FOXP2 оказался регулятором высокого уровня», «Элементы», 18.11.2009). Это позволяет предположить, что какие-то наши умственные и психические особенности еще продолжали эволюционировать после разделения предков сапиенсов и денисовцев и что мы, следовательно, чем-то отличаемся от денисовцев в этом плане.
Изменения также произошли в нескольких генах, связанных со зрением, кожей и зубами. Детальный анализ и выявление функциональной роли выявленных генетических изменений – дело будущего. Это поможет понять, почему сапиенсы в итоге заселили весь мир, а денисовцы и неандертальцы вымерли, оставив лишь маленький след в генофонде современного человечества.
Источник:elementy.ru